通過產生大量細胞和細胞外物質或生物膜，可以保護微生物免受消毒劑的影響。
生物膜是微生物群落，緊密附著在表面上，不易被去除。一旦這些質量形成，其中的微生物可通過多種機制抵抗消毒劑，包括較老的生物膜的物理特征，細菌的基因型變異，中和酶的微生物產生和生物膜內的生理梯度（例如，pH）。
與懸浮液中的相同細菌相比，生物膜內的細菌對抗微生物劑的抗性高達1,000倍。盡管正在研究用于去除生物膜的新的去污方法，但氯和一氯胺可以有效地滅活生物膜細菌。在漩渦中發現了生物膜，牙科設備水線和許多醫療設備（例如，隱形眼鏡，起搏器，血液透析系統，導尿管，中心靜脈導管，內窺鏡）。它們的存在可能對免疫受損的患者和具有留置醫療器械的患者產生嚴重影響。一些酶和洗滌劑可降解生物膜或減少生物膜內活細菌的數量，但沒有產品經EPA注冊或FDA批準用于此目的。